Il promontorio di Capo Noli è colonizzato dai Romani che vi costruiscono un cantiere navale tra il 15 e il 10 a.C.
E' da ricercarsi nel VI sec. la probabile fondazione di Neapolis sotto la dominazione bizantina in Liguria, per dare ospitalità alle popolazioni lombarde in fuga dai barbari.
Nel 967 nasce la Marca Aleramica: il territorio è inserito nei domini del ramo savonese dei Del Carretto.
Noli appare per la prima volta in un documento con il nome Naboli, è il 1004. Agli inizi del sec. XI si sviluppa sulle pendici del Monte Ursino il primitivo abitato feudale e viene costruita la chiesa di San Paragorio.
Nel 1099 Noli partecipa alla prima Crociata traendone ricchezze e privilegi. Cresce l'abitato sulla marina.
Nel 1192 nasce il libero Comune.
Tradizione vuole l'atto di cessione dei beni dei marchesi Del Carretto sia stato rogato il 7 agosto nella chiesa di San Paragorio.
E' del 1202 l'affermazione di Noli come Repubblica marinara è il frutto dell'alleanza del Comune, guelfo, con la potente Repubblica di Genova, e contro Savona e il marchesato del Finale, ghibellini.
Papa Gregorio IX nel 1239, come riconoscimento per l'aiuto prestato dai nolesi nella guerra contro Federico II, eleva Noli al rango di sede vescovile staccandola da Savona: tale rimarrà sino al 1820.
Il XIV sec. è l'epoca di maggior gloria e potenza per Noli.
Nel 1797 con la caduta della Repubblica di Genova, Noli passa sotto il dominio francese perdendo la sua autonomia.
Noli deriva, nelle forme Naboli e Nauli testimoniate nei più antichi documenti, da Neapolis, cioè "città nuova".
Il nome trae quindi origine ai tempi dell'impero bizantino, come si evince dall'uso del greco.